淡路島は地中海性気候のため一年を通して温暖で、また島であるため極端な高温にならず、適度なミネラルを含んだ土壌は、肥沃(ひよく)さがある。淡路島玉葱の栽培期間は11月中旬から翌年6月上旬までの7ヶ月間におよび、その間じっくりと自然の土と水の養分を吸収して育成される。
更に、玉葱の育成終盤である茎の下部が肥大して玉化する4月～5月は、太陽の紫外線が非常に強く、それを遮断するため外皮が遺伝子結合の変化により赤茶色化する。これがポルフェノールの一種、厳しい環境や外敵から身を守るために作り出されるフラボノイド化でクェルセチンを多く作り出し、淡路島玉葱に含まれるクェルセチン(通称"ケルセチン")の量は他産地より多い検証結果が出ています! 食事からケルセチンを多く摂る人は、血中のLDL-コレステロールが低かったという調査結果がある。また、肥満やメタボリックシンドロームを予防・改善する作用があるといわれている。ケルセチンは加熱しても構造が壊れにくく調理してもほとんど壊れない。さまざまな料理に用いることができる玉葱は、ケルセチンの摂取に適した食材であるといえる。